บุญพันธ์ แขวัฒนะ เป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2519 เคยดำรงตำแหน่งที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี เมื่อปี พ.ศ. 2531 ต่อจากนั้นจึงได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ในรัฐบาลพลเอกสุจินดา[3] และรัฐบาลชวน หลีกภัย (1)[4] และรองนายกรัฐมนตรี รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ในรัฐบาลบรรหาร ศิลปอาชา

หลังจากนั้นก็ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดพระนครศรีอยุธยาเรื่อยมา จนกระทั่งต่อมาในปี พ.ศ. 2550 ได้ถูกตัดสิทธิทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี เนื่องจากเป็นกรรมการบริหารพรรคไทยรักไทยซึ่งถูกยุบในคดียุบพรรคการเมือง พ.ศ. 2549[5]